Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan karena aktivisme politik ayahnya sehingga harus tinggal di luar Indonesia sejak kelas tiga. Meskipun demikian, cinta akan Tanah Air yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, mendorongnya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan pendidikan di universitas ternama di Amerika Serikat, meskipun ia memiliki prestasi yang tinggi di sekolah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah keputusan yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh lembaga intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo menonjol sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, serta menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Tidakewarankan, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
